کتابخانه مرکزی دانشگاه علوم پزشکی اصفهان در سال 1366 همزمان با تشکیل وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی و پس از طرح افراض و جدا‌سازی دو دانشگاه (اصفهان و علوم پزشکی) با مجموعه‌اي محدود از كتب فارسي و لاتين در بال غربی ساختمان دانشکده پزشکی در فضایی حدود 400 متر مربع فعاليتهاي تخصصي خود را بصورت نیمه متمركز آغاز کرد .
از آنجا که سیستم رده‌بندی دیویی پاسخگوی نیاز نظام رده‌بندی حوزه‌های پزشکی نبود در سال 1372 کتابخانه مرکزی استاندارد خود را از دیویی به رده بندي پزشكی NLM تغییر داد و همزمان با تغییر رده‌بندی با خرید چندین رایانه مدل 286 و تهیه نسخه Dos نرم‌افزار كتابخانه‌اي پارس‌آذرخش به عنوان اولین کتابخانه در دانشگاه‌های علوم پزشکی اقدام به ارائه خدمات به صورت مکانیزه نمود.
با جذب دانش‌آموختگان جوان و پس از سالها تلاش ساختار اداری و خدماتی کتابخانه مرکزی به استانداردها نزدیک می‌شد که ناگهان در سال 1377 سیاست معاونت پژوهشی بر آن شده که بخش امانت کتابخانه مرکزی منحل و تمام منابع منحصر به فرد موجود در آن به سایر کتابخانه‌ها منتقل شود.
در سال1379 همزمان با ورود فناوریهای جدید در عرصه چاپ و نشر و تغییر محملهای اطلاعاتی کتابخانه مرکزی تصمیم گرفت خرید نشریات چاپی را به حداقل رسانده و در عوض نشریات الکترونیکی تمام متن را جایگزین نماید. که ماحصل آن خرید ده ها پایگاه اطلاعاتی چکیده و تمام متن شامل 5000 ژورنال الکترونیکی شد. در همین سال نیز با توجه به توسعه وگسترش نرم افزار های جامع اطلاع‌رسانی خود را از محیط یه Dos به محیط ویندوز ازتقا داد.
در سال 1382 بدلیل عدم درک صحیح از فناوریهای نوین و نقش آن در اطلاع‌رسانی، سیاست کوچک‌سازی کتابخانه مرکزی در دستور کار معاون پژوهشی قرار گرفت و دو طبقه ساختمان کتابخانه مرکزی تخلیه و به ساختمان شماره 4 (حوزه معاونت پژوهشی) در فضایی حدودا 50 متر (3 اتاق) که هیچ تناسبی با فعالیتهای اطلاع‌رسانی نداشت منتقل شد و در ادامه بعد از یکسال علی‌رغم وقوف به اینکه کتابخانه نیاز به فضای فیزیکی مناسب برای اجرای ماموریت‌های خود دارد بدون جلب نظر کارشناسان، پرسنل و تجهیزات کتابخانه به ساختمان سایت مرکزی دانشگاه منتقل شدند. در ادامه آن در سال1394 در یکی از جلسات شورای دانشگاه مصوبه‌ای به تصویب رسانده شده مبنی بر انحلال کتابخانه مرکزی و تقلیل ماموریت آن به ستاد امور کتابخانه‌ها آن هم تنها با دو نفر نیروی انسانی ، بر این اساس تمام پرسنل، تجهیزات و کتب کتابخانه مرکزی به دانشکده‌ها منتقل و قرار شد فعالیتهایی که قبلا جزو ماموریت کتابخانه مرکزی بوده در کتابخانه های دانشکده‌ها انجام پذیرد .
در چارت سازمانی فعلی گروه کتابخانه‌ها جایگزین کتابخانه مرکزی شده است که به فعالیتهای ستادی از جمله تعیین بودجه، اجرای بخش‌نامه‌های ابلاغی، رفع نیازهای فنی و تخصصی کتابداران و تنظیم آیین‌نامه‌ها، برنامه‌ریزی و سياست‌گذاري، تهیه گزارشات مختلف از چگونگی فعالیت مراکز، بررسی مشکلات و ارائه راه‌حل‌های مناسب و برگزاری جلسات شورای سیاستگذاری کتابخانه‌ها را برعهده دارد.