کتابخانه بيمارستان الزهرا (س)  از سال 1372 فعاليت خود را زير نظر کتابخانه مرکزي دانشگاه آغاز نمود. در حال حاضر ، كتابخانه در حوزه معاونت آموزشي بيمارستان در راستاي سياست هاي دانشگاه در جهت تامين منابع علمي فارسي و لاتين  با توجه به سياست مجموعه سازي،  موضوعات زير را در مجموعه خود پوشش مي دهد:کليات پزشکي،  بيماريهاي داخلي،بيماريهاي عفوني،  قلب و عروق، جراحي عمومي، جراحي قلب، ارولوژي، نفرولوژي، اطفال،  بيهوشي و پرستاري، پاتولوژي، علوم آزمايشگاهي، راديولوژي...  و به صورت قفسه باز اداره مي شود . استفاده كنندگان از مجموعه كتابخانه را استادان،پژوهشگران ،دانشجويان پزشکي، اينترن ها، رزيدنتها  وكاركنان مركز، پرستاران تحت آموزش و همچنين اعضاء وابسته به دانشگاه علوم پزشکي اصفهان  تشكيل مي دهند. کتابخانه بيمارستان الزهرا(س) به مساحت کل 800 متر مربع ومساحت سالن 400 مترمربع در ضلع شمال شرقي بيمارستان قرار دارد.اين کتابخانه شامل 2سالن مطالعه(خواهران وبرادران)، مخزن کتاب، قسمت آرشيو مجلات و پايان نامه و سايت مي باشد که از هم جدا هستند  .همچنين  تعداد نسخ  کتب فارسي مجموعه 8162 جلد وتعداد نسخ کتب لاتين 5342 جلد مي باشد.