کتابخانه بيمارستان الزهرا (س)  از سال 1372 فعاليت خود را زير نظر کتابخانه مرکزي دانشگاه آغاز نمود. در حال حاضر ، كتابخانه در حوزه معاونت آموزشي بيمارستان در راستاي سياست هاي دانشگاه در جهت تامين منابع علمي فارسي و لاتين  با توجه به سياست مجموعه سازي،  موضوعات زير را در مجموعه خود پوشش مي دهد:کليات پزشکي،  بيماريهاي داخلي،بيماريهاي عفوني،  قلب و عروق، جراحي عمومي، جراحي قلب، ارولوژي، نفرولوژي، اطفال،  بيهوشي و پرستاري، پاتولوژي، علوم آزمايشگاهي، راديولوژي...  و به صورت قفسه باز اداره مي شود . استفاده كنندگان از مجموعه كتابخانه را استادان،پژوهشگران ،دانشجويان پزشکي، اينترن ها، رزيدنتها  وكاركنان مركز، پرستاران تحت آموزش و همچنين اعضاء وابسته به دانشگاه علوم پزشکي اصفهان  تشكيل مي دهند. کتابخانه بيمارستان الزهرا(س) به مساحت کل 800 متر مربع ومساحت سالن های مطالعه 400 مترمربع در ضلع جنوب شرقي بيمارستان واقع در مجتمع کوثر در طبقه زیر زمین قرار دارد.اين کتابخانه شامل 2سالن مطالعه(خواهران وبرادران)، مخزن کتاب، قسمت آرشيو مجلات و پايان نامه و سايت مي باشد که از هم جدا هستند  .همچنين  تعداد نسخ  کتب فارسي مجموعه 11998 جلد وتعداد نسخ کتب لاتين 5342 جلد مي باشد. هر سالن مطالعه مجهز به چند کامپیوتر می باشد که فراگیران محترم در هر ساعت شبانه روز می توانند از پایگاههای اطلاعاتی برای search  مقالات و موارد دیگر استفاده نمایند. لازم به ذکر است کلیه امور پژوهشی ازجمله علم سنجی و راهنمای فراگیران در استفاده فراگیران از پایگاههای اطلاعاتی در این مرکز انجام می گیرد.